Curtea este compusă dintr-un număr de judecători egal cu cel al statelor membre la Convenţie (la momentul actual, în număr de 46). Judecătorii îşi exercită funcţia fără a reprezenta statele care le-au înaintat candidaturile.

Alegerea judecătorilor se face de Adunarea Parlamentară a Consiliului Europei dintr-o listă de 3 persoane prezentată de fiecare guvern. Candidaţii la funcţia de judecător trebuie „să se bucure de cea mai înaltă consideraţie morală şi să reunească condiţiile cerute pentru exercitarea unei înalte funcţiuni judiciare sau să fie jurişti având o competenţă recunoscută” (art. 21 al Convenţiei). Este ales candidatul care întruneşte majoritatea voturilor exprimate de Adunarea Parlamentară.

În practica selectării judecătorilor au fost întâlnite greutăţi. Acestea vizau neîntrunirea condiţiilor necesare pentru exercitarea funcţiei de judecător de către candidaţii propuşi. Pentru a înlătura aceste deficienţe, câteva organizaţii non-guvernamentale au elaborat recomandări cu privire la selectarea candidaţilor la funcţia de judecător la Curtea Europeană.

Judecătorii sunt aleşi pentru un mandat de 6 ani şi pot fi realeşi. Componenţa judecătorilor se reînnoieşte periodic (mandatele judecătorilor nu expiră la aceeaşi dată). Mandatul judecătorilor se încheie la atingerea vârstei de 70 de ani (indiferent de durata mandatului).

Înainte de începerea efectivă a exercitării funcţiei, judecătorul ales este obligat ca în prima şedinţă plenară a Curţii la care asistă să depună următorul jurământ: „Jur (sau declar solemn) că voi exercita funcţiile mele de judecător cu onoare, independenţă şi imparţialitate şi că voi respecta secretul deliberărilor”.

Dacă un judecător nu mai corespunde cu cerinţele funcţiei sale, el poate fi revocat de către ceilalţi judecători cu o majoritate de 2/3 din numărul membrilor Curţii. Până la moment, nici un judecător al Curţii nu a fost revocat conform acestei proceduri.

Mandatul de judecător al Curţii Europene este incompatibil cu exercitarea altor activităţi profesionale care ar intra în conflict cu funcţia de judecător. Pe durata mandatului judecătorii nu pot exercita nici o activitate care să le influenţeze imparţialitatea sau independenţa.

Judecătorii beneficiază în timpul exercitării funcţiilor sale de privilegiile şi imunităţile prevăzute de art. 40 al Statutului Consiliului Europei şi de acordurile încheiate în baza acestui articol.

În cadrul Curţii funcţionează reguli cu privire la precădere. Conform art. 5 din Regulamentul Curţii, ordinea precăderii judecătorilor este următoarea:

1. Preşedintele Curţii;
2. Vicepreşedinţii;
3. Preşedinţii Secţiunilor;
4. Ceilalţi judecători.

La egalitate de poziţie este avantajat judecătorul cu mai multă vechime în funcţia de judecător la Curte.

Curtea Europeană reunită în plen alege preşedintele, doi vicepreşedinţi şi preşedinţii Secţiunilor. Doi dintre preşedinţii Secţiunilor vor fi şi vicepreşedinţi ai Curţii. Mandatul preşedintelui, vicepreşedinţilor şi preşedinţilor Secţiunilor este de 3 ani. La expirarea termenului de 3 ani aceştia pot fi realeşi în aceleaşi funcţii. Vicepreşedinţii Curţii îl asistă pe preşedintele Curţii şi îl înlocuiesc atunci când acesta nu-şi poate exercita atribuţiile.

Preşedinţii Secţiunilor sunt în număr de cinci. Ei prezidează şedinţele Secţiunilor şi a Camerelor din care fac parte. Fiecare Secţiune alege un vicepreşedinte pe un termen de 3 ani. Vicepreşedintele Secţiunii  înlocuieşte preşedintele Secţiunii în cazul în care acesta nu-şi pot îndeplini sarcinile.

În anumite circumstanţe judecătorul nu poate participa la examinarea unei cauze concrete (de exemplu, în cazul examinării acestei cauze la nivel naţional în calitate de judecător) sau se autorecuzează. Preşedintele Secţiunii va invita guvernul să propună un judecător ad-hoc. Judecătorul ad-hoc va îndeplini criteriile înaintate faţă de judecătorul ales cu titlu permanent.

Întru realizarea unei bune funcţionări şi îndeplinirea atribuţiilor ce îi revin, Curtea dispune de o grefă. Modul de organizare şi sarcinile grefei sunt stabilite prin Regulamentul Curţii.

Grefierul este ales pentru o perioadă de 5 ani, prin vot secret de judecătorii aleşi membri ai Curţii. Grefierul Curţii este asistat de 2 grefieri adjuncţi aleşi de Curte. Curtea mai alege câte un grefier şi un grefier adjunct pentru fiecare Secţiune.

Funcţiile grefierului, în conformitate cu art. 17 din Regulamentul Curţii, sunt următoarele:

• organizarea activităţii Curţii;
• intermediar pentru comunicările adresate Curţii;
• răspunde cererilor de informare;
• asigură buna funcţionare a arhivelor.

În cadrul Curţii activează câteva sute de jurişti secretari care au sarcini privind corespondenţa cu plăţile, completarea şi evidenţa dosarului, întocmirea raportului preliminar şi supravegherea şi revizuirea traducerilor.

Organele de lucru ale Curţii Europene sunt:

1. Adunarea plenară;
2. Marea Cameră;
3. Secţiunile Curţii (în număr de 5);
4. Camerele de 7 judecători;
5. Comitetele de 3 judecători.

Adunarea plenară reuneşte toţi judecătorii şi exercită doar funcţii administrative şi de reglare. Ea adoptă şi modifică Regulamentul Curţii, alege preşedintele şi cei doi vicepreşedinţi ai Curţii, grefierul şi grefierii adjuncţi, precum si decide asupra revocării judecătorilor.

Marea Cameră se constituie într-o componenţă concretă pentru examinarea fiecărei cauze în parte. Ea are în componenţa sa 17 judecători şi cel puţin 3 judecători supleanţi. Fac parte din Marea Cameră din oficiu preşedintele şi vicepreşedinţii Curţii, preşedinţii Secţiunilor, precum şi judecătorul propus de statul pârât. În afară de aceşti 6 judecători, Marea Cameră mai are în componenţa sa 11 judecători şi 3 supleanţi, desemnaţi de preşedintele Curţii prin tragere la sorţi, în prezenţa grefierului Curţii. La stabilirea componenţei Marii Camere se vor lua în calcul criteriile geografice pentru a reflecta diversitatea sistemelor juridice ale statelor membre.

În cazul în care cauza examinată de Marea Cameră i-a fost deferită de către Cameră, din componenţa Marii Camere for face parte de drept membrii acelei Camere. În cazul examinării plângerii la hotărârea Camerei, din componenţa Marii Camere nu pot face parte judecătorii Camerei care au pronunţat hotărârea contestată, cu excepţia preşedintelui Camerei şi judecătorului propus de către statul pârât.

Curtea este organizată în Secţiuni, care sunt diviziuni administrative al Curţii. Ele sunt constituite pentru o perioadă de 3 ani. Fiecare judecător face parte din una din Secţiuni. Componenţa Secţiunilor asigură o reprezentare echilibrată a regiunilor geografice, a diferitor sisteme de drept şi a sexelor. Fiecare Secţiune este prezidată de un preşedinte de Secţiune şi un vicepreşedinte de Secţiune. La moment, Curtea este constituită din 5 Secţiuni. Curtea reunită în plen poate decide constituirea Secţiunilor suplimentare.

Preşedintele Secţiunii este cel care repartizează cazurile către judecătorii raportori (judecătorii responsabili de dosar), membrii ai Secţiunii. La propunerea preşedintelui Secţiunii, preşedintele Curţii stabileşte numărul de Comitete din cadrul fiecărei Secţiuni.

Camerele de 7 judecători au fost create în scopul examinării în fond a cauzelor aduse în faţa Curţii Europene. Camerele de 7 judecători sunt constituite în cadrul Secţiunilor, prin rotaţie, ţinându-se seama ca în cadrul fiecărei Camere sa fie prezent judecătorul candidatura căruia a fost propusă de statul pârât, preşedintele şi vicepreşedintele Secţiunii. Preşedintele Secţiunii prezidează şedinţele Camerei, cu excepţia examinării cauzelor introduse împotriva statului care i-a propus candidatura. 

Comitetele de 3 judecători sunt constituite din judecătorii aceleiaşi Secţiuni pentru o perioadă de 12 luni. În componenţa Comitetelor intră prin rotaţie judecătorii Secţiunilor, cu excepţia preşedintelui Secţiunii. Dacă unul dintre membrii unui Comitet din anumite motive nu-şi poate exercita atribuţiile, el poate fi înlocuit de un alt membru al aceleiaşi Secţiuni care nu este membru al nici unui Comitet. Comitetele sunt conduse de către judecătorul care are o vechime mai mare în funcţia de judecător al Curţii.