După ruinarea fostei URSS, statele din fostul „lagăr socialist” tindeau de a deveni membre ale Consiliului Europei. Între 1992 şi 1997 peste 15 state au aderat la Convenţie. În 1997 la Secretariatul Comisiei au parvenit peste 12 000 cereri individuale, spre deosebire de 2481 în 1995 şi 860 în 1987. În anul 1997 Curtea a pronunţat 156 de hotărâri, pe când în 1987 adoptase doar 60 iar în 1985 - 11.

Conform procedurii anterioare, aceleaşi chestiuni se examinau atât în faţa Comisiei, cât şi în faţa Curţii. Ca urmare, procedura de examinare a unei cereri se derula într-un termen prea lung: aproximativ 5 ani şi jumătate, dintre care mai mult de 4 ani în faţa Comisiei şi de la 12 la 18 luni în faţa Curţii.

Devenea evident că menţinerea mecanismului de control existent până în 1998 nu putea face faţă fluxului crescând de cereri. O reformă se impunea. În urma unui studiu de mai bine de 10 ani, modificarea sistemului Convenţiei a luat forma Protocolului nr. 11, a cărui intrare în vigoare a fost condiţionată de acceptarea colectivă de către toate statele părţi la Convenţie. Protocolul nr. 11 a fost deschis spre semnare la 11 mai 1994 şi a intrat în vigoare la 1 noiembrie 1998.

Prin Protocolul nr. 11 acceptarea dreptului de recurs individual nu mai este facultativă. Acest drept este recunoscut în temeiul art. 34 al Convenţiei oricărei persoane care se află sub jurisdicţia unui stat parte.

Comisia Europeană dispare, Comitetul de Miniştri pierde competenţa sa contencioasă, dar îşi păstrează atribuţiile legate de supravegherea executării hotărârilor Curţii Europene. Comisia Europeană şi-a continuat activitatea timp de un an, până la 31 octombrie 1999, şi a examinat cauzele pe care le-a declarat admisibile înainte de această dată.

Noua Curte îşi are sediul la Strasbourg şi funcţionează în mod permanent. Formaţiunile de judecată ale Curţii sunt: Comitetul (compus din 3 judecători), Camera (compusă din 7 judecători) şi Marea Cameră (compusă din 17 judecători).

Comitetul are sarcina de filtrare a cererilor şi poate declara în unanimitate ca fiind inadmisibile cererile în care nu există nici o aparenţă de violare a Convenţiei sau când nu au fost respectate condiţiile formale de adresare la Curte. Această decizie este definitivă şi nu poate fi supusă nici unei căi de atac. Decizia Comitetului este adoptată în temeiul materialelor deja expediate la Curte, fără a fi solicitate comentarii suplimentare de la reclamant. Ea nu este motivată şi nu se publică. Despre adoptarea deciziei Comitetului reclamantul este înştiinţat printr-o scrisoare redactată, de obicei, în limba în care a fost redactată cererea. În termen de 1 an de zile de la înştiinţarea despre adoptarea deciziei respective, dosarul depus la Curte este nimicit.

Procedura anterioară de examinarea separată a admisibilităţii şi fondului a fost menţinută. Competenţele fostei Comisii au fost transmise Camerei. Camera emite o decizie când se pronunţă asupra admisibilităţii şi o hotărâre în cazul soluţionării fondului cererii.

Hotărârile Camerei pot fi contestate în faţa Marii Camere a Curţii. Astfel, conform art. 43 al Convenţiei, părţile pot cere în termen de 3 luni de la pronunţarea hotărârii de către Cameră, să ceară deferirea cauzei în faţa Marii Camere. Un colegiu de 5 judecători examinează dacă cererea „ridică o problemă gravă privind interpretarea sau aplicarea dispoziţiilor Convenţiei sau ale protocoalelor sale, sau pune o problemă gravă, cu caracter general”. Dacă colegiul nu găseşte necesară examinarea cauzei în Marea Cameră, hotărârea Camerei devine definitivă.

Marea Cameră mai examinează cererile interstatale (cereri depuse de un stat împotriva altui stat), cererile deferite spre examinare de către Cameră, precum şi se expune asupra avizelor consultative (cereri de interpretare a Convenţiei).

Hotărârea definitivă a Curţii prin care se constată o violare a Convenţiei este obligatorie pentru statul împotriva căruia a fost pronunţată. Hotărârile Camerei devin definitive în termen de 3 luni de zile din ziua pronunţării sau din ziua respingerii cererii de deferire a cauzei pentru examinare în Marea Cameră. Hotărârile Marii Camere sunt definitive din ziua pronunţării. În termen de 3 luni de zile din ziua în care hotărârea devine definitivă, statul pârât trebuie să plătească reclamantului compensaţiile acordate de Curte.

Protocolul nr. 11 nu a modificat drepturile protejate de Convenţie şi a lăsat fără schimbări condiţiile de admisibilitate a unei cereri, care au rămas identice.

După intrarea în vigoare a Protocolului nr. 11, numărul cererilor depuse la Curte a crescut vertiginos. Astfel, în anul 2003 au fost depuse 30 310 cereri, iar în 2004 – 44 128. În 2001 Curtea a pronunţat 888 hotărâri, în 2002 – 844, în 2003 – 703, în 2004 – 718 iar în 2005 – 1105. La momentul actual, pe rolul Curţii se află peste 89 000 cereri. Această supraîncărcare a determinat necesitatea perfecţionării sistemului actual de control al respectării Convenţiei.

La 13 mai 2004 a fost adoptat Protocolul nr. 14 la Convenţie care va intra în vigoare după ratificarea de către toate statele părţi la Convenţie.